Es sind mehrere Bauwerke nötig, um das Wasser kontrolliert in die Aare zu leiten (Transportstollen, Aarestollen, Auslaufbauwerk, Vereinigungsbauwerk). Konkret werden zwei Stollen gebaut. Zum einen der rund 700 Meter lange Aarestollen, zum anderen ein gleich langer Transportstollen. Die Stollen sind beide begehbar, damit der Unterhalt sichergestellt werden kann. 

Weiter baut die SBB ein Auslaufbauwerk, wo das Wasser aufbereitet und anschliessend kontrolliert in die Aare geleitet wird. Das im südlichen Teil von Ostermundigen anfallende Wasser, wird vor Ort in einem Versickerungsbecken aufgenommen und versickert anschliessend. Das Wasser kann nicht direkt im Gleisbereich versickert werden, weil dies die Dammstabilität negativ beeinträchtigen würde. Da die SBB umweltrechtlich verpflichtet ist, soviel Wasser wie möglich zu versickern, ist auch die Ableitung des Wassers über den Aarestollen in die Aare nicht möglich.